4QQA

Crystal structure of pneumolysin from Streptococcus pneumoniae


Experimental Data Snapshot

  • Method: X-RAY DIFFRACTION
  • Resolution: 2.8 Å
  • R-Value Free: 0.261
  • R-Value Work: 0.189

Literature

Macromolecules
Sequence Display for 4QQA

Classification: TOXIN

Total Structure Weight: 54351.67

Macromolecule Entities
Molecule Chains Length Organism Details
Pneumolysin A 484 Streptococcus pneumoniae Gene Name(s): ply ply_1 ply_2 ply_3 ply_4 ply_5 ERS019291_01723 ERS019338_00793 ERS019367_01469 ERS019375_01995 ERS019473_02025 ERS019591_01975 ERS019673_00457 ERS020121_02000 ERS020135_00755 ERS020137_01897 ERS020138_01041 ERS020141_01919 ERS020142_01450 ERS020143_00811 ERS020145_00481 ERS020146_01971 ERS020148_01895 ERS020155_01990 ERS020158_01798 ERS020194_01916 ERS020337_00494 ERS020376_01939 ERS020408_01837 ERS020413_01633 ERS020464_02040 ERS020491_01936 ERS020496_01701 ERS020500_01814 ERS020504_01307 ERS020514_01710 ERS020518_00202 ERS020520_01803 ERS020521_00359 ERS020522_01817 ERS020523_00942 ERS020523_01972 ERS020525_01665 ERS020528_01863 ERS020531_01643 ERS020532_01739 ERS020535_01712 ERS020539_02022 ERS020644_01449 ERS020726_01943 ERS020728_01842 ERS020738_01826 ERS020747_01863 ERS020755_01863 ERS020808_01549 ERS020822_02220 ERS020827_03249 ERS020831_01774 ERS020835_00985 ERS020881_00614 ERS020901_01984 ERS020969_02033 ERS021056_01921 ERS021189_05440 ERS021294_01838 ERS021300_01312 ERS021353_02323 ERS021354_06935 ERS021355_02503 ERS021360_01922 ERS021368_00769 ERS021374_01102 ERS021431_02102 ERS021433_02008 ERS021449_01931 ERS021536_02029 ERS021551_01871 ERS021560_01587 ERS021629_06993 ERS021634_06194 ERS021635_01857 ERS021706_00384 ERS021718_01967 ERS021733_04237 ERS021752_00284 ERS021857_02186 ERS021858_02402 ERS021862_02065 ERS021879_00239 ERS021903_01287 ERS021948_01985 ERS021977_01052 ERS022005_01818 ERS022045_05644 ERS022051_02103 ERS022071_01380 ERS022077_02159 ERS022135_01760 ERS022148_00233 ERS022165_01193 ERS022179_01980 ERS022246_02083 ERS022282_02083 ERS022356_01550 ERS022373_01999 ERS022382_01865 ERS022391_01531 ERS022414_01991 ERS022522_00518 ERS022599_01778 ERS022629_00620 ERS022641_02042 ERS043844_02082 ERS043879_01616 ERS043900_02179 ERS043922_02280 ERS043959_01963 ERS043980_02116 ERS043984_01925 ERS043989_02105 ERS044004_01931 ERS044017_02025 ERS044087_02188 ERS044129_01583 ERS044145_01747 ERS044164_01976 ERS069315_01817 ERS069939_01997 ERS069979_01990 ERS070029_02064 ERS070031_02250 ERS070051_01903 ERS070055_01882 ERS070077_02207 ERS070103_01863 ERS070112_01859 ERS070114_02167 ERS070161_01634 ERS070176_01941 ERS096101_00982 ERS096208_01127 ERS096208_01133 ERS096208_02573 ERS096208_03805 ERS232442_02072 ERS232474_02064 ERS232497_01188 ERS232499_01578 ERS232508_01659 ERS232512_02053 ERS232514_01845 ERS232524_02240 ERS445053_00851
Metabolic Pathways
Maps:       
Reactions:
ESCHER  BiGG

Membrane Protein

Source: inferred by homology | Group: BETA-BARREL

Subgroup Name: Adventitious Membrane Proteins: Beta-sheet Pore-forming Toxins/Attack Complexes

Protein Name: Pneumolysin (PLY) complex



Experimental Data & Validation

Experimental Data

  • Method: X-RAY DIFFRACTION
  • Resolution: 2.8 Å
  • R-Value Free: 0.261
  • R-Value Work: 0.189
  • Space Group: P 21 21 21

Unit Cell:

Length (Å) Angle (°)
a = 24.72 α = 90.00
b = 159.93 β = 90.00
c = 209.36 γ = 90.00

Structure Validation

View Full Validation Report or Ramachandran Plots



Entry History

Deposition Data

  • Deposited Date: 2014-06-27
  • Released Date: 2015-08-05
  • Deposition author(s): Park, S.A., Lee, K.S.

Revision History

  • Version 1_0: 2015-08-05

    Type: Initial release