7CLS | pdb_00007cls

Solution structure of an intramolecular G-quadruplex containing a duplex bulge

SOLUTION NMR

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NMR Experiment
Experiment	Type	Sample Contents	Solvent	Ionic Strength	pH	Pressure	Temperature (K)	Spectrometer
1	1D proton	0.7 mM N.A DNA (33-MER), 30 mM N.A potassium chloride, 10.7 mM N.A K2HPO4, 9.3 mM N.A KH2PO4	90% H2O/10% D2O	71.4 mM	7.0	1 atm	298	Bruker AVANCE 700
10	1D proton	0.7 mM N.A DNA (33-MER), 30 mM N.A potassium chloride, 10.7 mM N.A K2HPO4, 9.3 mM N.A KH2PO4	100% D2O	71.4 mM	7.0	1 atm	298	Bruker AVANCE 700
2	2D JRechoNOESY 200 ms	0.7 mM N.A DNA (33-MER), 30 mM N.A potassium chloride, 10.7 mM N.A K2HPO4, 9.3 mM N.A KH2PO4	90% H2O/10% D2O	71.4 mM	7.0	1 atm	298	Bruker AVANCE 700
7	2D NOESY 100 ms	0.7 mM N.A DNA (33-MER), 30 mM N.A potassium chloride, 10.7 mM N.A K2HPO4, 9.3 mM N.A KH2PO4	100% D2O	71.4 mM	7.0	1 atm	298	Bruker AVANCE 700
11	2D NOESY 200 ms	0.7 mM N.A DNA (33-MER), 30 mM N.A potassium chloride, 10.7 mM N.A K2HPO4, 9.3 mM N.A KH2PO4	100% D2O	71.4 mM	7.0	1 atm	298	Bruker AVANCE 700
3	2D NOESY 300 ms	0.7 mM N.A DNA (33-MER), 30 mM N.A potassium chloride, 10.7 mM N.A K2HPO4, 9.3 mM N.A KH2PO4	100% D2O	71.4 mM	7.0	1 atm	298	Bruker AVANCE 700
4	2D HSQC-sugar	0.7 mM N.A DNA (33-MER), 30 mM N.A potassium chloride, 10.7 mM N.A K2HPO4, 9.3 mM N.A KH2PO4	100% D2O	71.4 mM	7.0	1 atm	298	Bruker AVANCE 700
5	2D HSQC-aromatic	0.7 mM N.A DNA (33-MER), 30 mM N.A potassium chloride, 10.7 mM N.A K2HPO4, 9.3 mM N.A KH2PO4	100% D2O	71.4 mM	7.0	1 atm	298	Bruker AVANCE 700
6	1D HMQC	0.7 mM 15N Guanine DNA (33-MER), 30 mM N.A potassium chloride, 10.7 mM N.A K2HPO4, 9.3 mM N.A KH2PO4	90% H2O/10% D2O	71.4 mM	7.0	1 atm	298	Bruker AVANCE 600
8	2D COSY	0.7 mM N.A DNA (33-MER), 30 mM N.A potassium chloride, 10.7 mM N.A K2HPO4, 9.3 mM N.A KH2PO4	100% D2O	71.4 mM	7.0	1 atm	298	Bruker AVANCE 700
9	2D TOSCY	0.7 mM N.A DNA (33-MER), 30 mM N.A potassium chloride, 10.7 mM N.A K2HPO4, 9.3 mM N.A KH2PO4	100% D2O	71.4 mM	7.0	1 atm	298	Bruker AVANCE 700

NMR Spectrometer Information
Spectrometer	Manufacturer	Model	Field Strength
1	Bruker	AVANCE	600
2	Bruker	AVANCE	700

NMR Refinement
Method	Details	Software
DGSA-distance geometry simulated annealing		Felix

NMR Ensemble Information
Conformer Selection Criteria	structures with the lowest energy
Conformers Calculated Total Number	100
Conformers Submitted Total Number	10
Representative Model	1 (lowest energy)

Computation: NMR Software
#	Classification	Version	Software Name	Author
1	data analysis	Felix		Accelrys Software Inc.
2	structure calculation	X-PLOR NIH		Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore
3	processing	TopSpin		Bruker Biospin
4	peak picking	Felix		Accelrys Software Inc.
5	data analysis	SpinWorks		Kirk Marat
6	refinement	X-PLOR NIH		Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore
7	chemical shift assignment	Felix		Accelrys Software Inc.